Βυζαντινή Περίοδος (364-1191)
Αρχαιολογικά τεκμήρια επιβεβαιώνουν την κατοίκηση της περιοχής κατά την πρωτοβυζαντινή περίοδο. Τα διάσπαρτα Ασκητήρια, όπως και η ύπαρξη επώνυμων ασκητών (Ευφη- μιανός, Συνέσιος, Θεόδωρος και Ιωνάς), είναι αδιαμφισβήτητη επίσης απόδειξη. Οι πρώτοι κάτοικοι ήλθαν ομαδικά από την Ελισσώ-Ελύση και έχτισαν το νέο συνοικισμό τους. Η αύξηση του πληθυσμού δημιούργησε την ανάγκη ανέγερσης τρίκλιτης βασιλικής, σε μικρή απόσταση στα δυτικά της σημερινής Λύσης. Βάσει νομισματικών μαρτυριών χρονολογήθηκε στον 7ο αιώνα. Έγινε γνωστή από «θησαυρό» που εντοπίσθηκε στα ερείπιά της και περιλάμβανε αργυρό δίσκο με μονόγραμμα και πληθώρα χρυσών, αργυρών και χάλκινων βυζαντινών νομισμάτων. Σε απόσταση 500 μέτρων εντοπίσθηκαν κατάλοιπα δεύτερης παλαιοχριστιανικής βασιλικής, αφιερωμένης στην Παναγία. Ήταν διακοσμημένη με μαρμαροθετήματα, ενώ βρέθηκαν και άλλα αντικείμενα, όπως ένας χάλκινος επιστήθιος σταυρός και ένα αραβικό νόμισμα, που χρονολογήθηκαν περίπου στον 7ο αιώνα. Και οι δύο αυτές βασιλικές πιθανότατα καταστράφηκαν κατά τις πρώτες αραβικές επιδρομές (649/650 και 653/654).
Στον ίδιο χώρο εντοπίσθηκαν τεκμήρια και της μέσης βυζαντι- νής περιόδου (10ος-11ος αι.). Στη βυζαντινή περίοδο φαίνεται να ανήκει και ο διακοσμημένος με τοιχογραφίες ναός του Αγίου Συνεσίου. Για το μοναστήρι του Προφήτη Ηλία, που άκμασε για πολλά χρόνια, δεν υπάρχουν ιστορικές πηγές, που να μαρτυρούν για τη χρονολογία ίδρυσής του. Λιγοστά ευρή- ματα τοποθετούν την ίδρυσή του, με την έννοια της οργανω- μένης μοναχικής ζωής και της ύπαρξης εγκαταστάσεων, κατά το 10ο αιώνα. Εργάτες από τα γύρω χωριά έρχονταν να δου- λέψουν στα κτήματα του μοναστηριού. Σύμφωνα με την παρά- δοση, οι κάτοικοι των γύρω συνοικισμών, για να γλυτώσουν από τις ασθένειες λόγω έλλειψης νερού και από τις επιδρομές, κατέ- φυγαν επίσης στο μοναστήρι ή γύρω από αυτό, επειδή υπήρχε νερό και έχαιρε κάποιων προνομίων και ασυλίας. Το ότι εκεί βρήκαν λύση των δεινών και ασθενειών τους, αποτελεί μια άλλη επίσης εκδοχή για την ονομασία της Λύσης. Ερείπια του μοναστηριού βρέθηκαν στα δυτικά και βόρεια της σημερινής εκκλησίας της Παναγίας. Το μοναστήρι παρήκμασε στα χρόνια της Λατινοκρατίας και άρχισε να αναβιώνει στα τέλη της και στις αρχές της Τουρκοκρατίας.